草堰港遗址的发现是一个巧合。2021年3月，时任兴化市信访局工作人员前往千垛镇草王村调研，无意间在一鱼塘岸堤发现许多骨骼残骸，隐约感觉到这些骨骸具有研究价值，便在岸边仔细寻找，最终获得5支较为完整的麋鹿角。

经当地资深文史专家初步鉴定，认为5支麋鹿角均为亚化石标本，其中至少3支存在人类用钝器打磨加工磨损的痕迹。之后又在该地附近的鱼塘圩堤和近水岸发现众多散布满陶片、骨器碎片、麋鹿角碎片，有3处相对集中散布着陶片、骨器、麋鹿角等动物骨骼。其中发现了船型陶器残件、陶篦残片、陶网坠，部分陶片饰有水波纹、刻划纹，此外还发现鹿角靴形器、骨镞等骨器，有明显的人工打磨加工痕迹。在东西向的圩堤上，发现大面积被扰动的文化堆积，采集到碳化菱角和芡实种子，数量众多。

结合对鹿角的鉴定，当地工作人员认定此处是一处古人遗址，且年代较为久远，兴化市文体广电旅游局便迅速向省、泰州文物主管部门汇报。千垛镇政府立即暂停区域内工程项目，安排专人值班，拉设警戒线，严格控制人员进入，并做好登记备案，全面保护现场，并按程序申请考古勘探，进行抢救性考古挖掘。

2022年5月，经泰州市文物局请示江苏省文物局，委托资质单位对草堰港遗址进行抢救性考古发掘，同月，江苏省文物局正式委托南京博物院对草堰港遗址进行抢救性考古发掘。2022年12月，经国家文物局批准，南京博物院、江苏省文物考古研究院于开始对遗址展开考古发掘工作。

2023年8月，在兴化市召开的江苏地域文明探源工程推进会上，南京博物院考古团队首次对外披露了兴化草堰港遗址发掘初步成果，认为该遗址距今约7200年，是江淮东部里下河地区年代最早的新石器时代遗址。发现有陶、骨、石、木、玉、蚌等各类遗物2800余件，文化面貌新颖、内涵丰富，具有鲜明的地域特色，填补了江淮地区新石器时代考古空白。

2023年12月，由中国考古学会、江苏省文物局和兴化市人民政府联合举办的“兴化市草堰港遗址考古发掘成果专家论证会暨江淮地区史前文化发展与区域互动学术研讨会”在泰州兴化召开，来自中国考古学会、中国社科院考古研究所、国家文物局考古研究中心、故宫博物院、中国文化遗产研究院、北京大学考古文博院等20多所文博、考古单位的60多名专家学者参加了研讨活动。

长期以来，地理及考古学者多认为里下河地区自全新世以来受海侵的影响，不太可能有超过6500年的史前遗址分布。草堰港遗址的发现改写了过往认知，对于研究全新世以来江淮东部地区升降、岸线变迁具有重要价值。

据江苏省文物考古研究院研究馆员、草堰港遗址考古发掘项目负责人甘恢元介绍，草堰港遗址为江淮东部已知年代最早的史前遗址，填补了区域考古空白，塑造了淮河下游史前文化和社会面貌，是中国多元一体史前文化格局的重要组成部分。通过前期考古勘探、年代学研究和环境考古研究得知，距今8500年前，遗址所在区域地面比现在低10米左右，在这8500年间，随着全球气候环境变化所导致的海平面升降以及长江、淮河等河流带来的大量泥沙淤积，遗址区域经历了多次海陆变迁，在距今7200年前遗址区域为滨海湿地，是野生动植物资源十分丰富的宜居之地。

草堰港先民选择在此定居，种植水稻、狩猎采集、繁衍生息数百年。随着再次遭遇海侵，随后变成受海洋影响的潟湖，不再适宜人类生存，草堰港先民被迫迁徙至地势更高的地区。“所以在遗址上能够看见1.5至2米厚的淤积层，其中既有海相沉积也有湖相沉积，至新石器时代晚末期，该区域再次成为适宜人类居住的陆地，在周边形成了以龙虬庄、蒋庄、南荡等为代表的龙虬庄至良渚/龙山时期的遗址，如今，遗址东距黄海直线距离已达百余公里。”甘恢元感叹，草堰港遗址的兴衰及区域内史前文化的发展进程正是环境变化与人类适应性之间关系的生动体现，对于当下应对全球气候变化亦具有一定的借鉴价值。草堰港遗址为江淮东部地区已知年代最早的新石器时代遗址，是完善江淮东部史前考古学文化谱系的重要一环，也是中华文明多元一体的印证。