阳明辞世后，粗分为七派，思想主旨不统一，且相互之间多有攻讦发难，在未受外力冲击前，内部倒先分裂。由于黄宗羲所划分的七派是根据地域划分的，所以七派中不同人物的主张又有不同，像浙中学派中王畿和钱德洪对王阳明的“四句教”就有四有、四无的大分歧，二人在阳明生前就为此争论不休，而王畿、王艮的主张又倾向于禅化，自然又会受到像邹守益等恪守王学的批评。

　　除了邹守益代表的“主敬派”比较恪守阳明宗旨外，其他学派对王阳明的“致良知”“格物”等概念进行自己的诠解，所以才有了“虚无派”“日用派”“主静派”“主事派”的区别。其中改造特别过分的当属影响最大的“虚无派”和“日用派”，黄宗羲针对这两派做过专门批判：“阳明先生之学，有泰州、龙溪而风行天下，亦因泰州、龙溪而渐失其传。泰州、龙溪时时不满其师说，益启瞿昙之秘而归之师，盖跻阳明而为禅矣。”阳明学说能够风行天下，“虚无派”和“日用派”的主张居功甚大，但是由于其改造过大，跻而为禅，也导致心学的本来面貌被掩盖。

　　明末社会危机四伏，经济衰退，战事频起，大厦将倾之际，社会呼唤的是能改革弊政、上马杀敌、整治社会的实干型人物，而王门后学大都流为虚浮的口上说教。王阳明对此也早有预感，其言：“某于良知之说，从百死千难中得来，非是容易见得到此。此本是学者究竟话头，可惜此理沦埋已久。学者苦于闻见障蔽，无入头处，不得已与人一口说尽。但恐学者得之容易，只把作一种光景玩弄，孤负此知耳。”王学的命运不幸被其言中，在其去世后，王学也逐渐趋于空疏，不再作修持上的功夫，只是“想象”，也忘了乃师四平叛乱的壮举。对于王学的空疏之风，顾炎武对此做了激烈批评：“以一人而易天下，其流风至于百有余年之久者，古有之矣。王夷甫之清谈，王介甫之新说，其在于今，则王伯安之良知是也。”他将王阳明比作晋之王导、宋之王安石，认为明朝的灭亡，就是王阳明所开启的“新说”导致的。将国家的覆亡归结为一百多年前的某个人，不免失之简单武断，但也从侧面说明阳明心学的流弊波及深远。阳明心学本质上是“知行合一”的实践哲学，正如牟钟鉴所说：“阳明心学不是书斋哲学，不单纯是逻辑推演的产物，也是他个人对社会人生痛苦体验后有深切解悟的产物。王学是生活和实践的哲学，这对于准确把握王学的内在精神十分必要。”

　　姚江心学作为新兴的学说，由于对官方所宣扬的朱学形成了挑战，对政权的稳定具有潜在威胁，自然会遭到打压。嘉靖皇帝直斥阳明学说为“叛经背道之书”，专门下诏“自今教人取士一依程朱之言”来巩固正统官学的地位。阳明心学“致良知”所推行的“内圣”之学，把个体从礼教束缚中解放了出来，使人们更为注重个体的体验，因此受到朝廷中反对势力的打击报复，被冠以“邪说”“反叛”“异学”“异端”等称呼。虽然王学在隆庆元年（1567）被统治阶级认可，但其门人却遭到政敌的报复打压，导致一大批为官的王学后学被贬黜或下狱，如浙中学派的钱德洪被弹劾入狱，自其出狱后到去世的30年间，都再无一官一职；王畿被斥为“伪学小人”，他主动辞归隐逸达40年；彭季山二度被贬后便罢官归家；罗念庵因为直谏被贬为民等等。在这样的打压下，王学的影响力日益减弱。

　　顾宪成批判王阳明的“无善无恶”是以善为恶，以恶为善，“在吾儒则阴坏实教也”，是对礼教法制的败坏；又否定“心即理”的普遍意义，认为“心即理”只有圣人能做到，普通人用之“其势必至自专自用，凭恃聪明，轻侮先圣，注脚六经，无复忌惮”，顾宪成作为欧阳德的再传人，以东林党领袖的身份批判王阳明，可以说对心学打击甚大。东林党人的另一领袖高攀龙与顾宪成一唱一和地对王学进行批评，认为“无善无恶心之体”破坏名教，是“大乱之道也”，并批判王阳明的“龙场悟道”，悟的是佛老之旨，不是儒家格致之旨，这就从根本上否定了王学。顾、高对王阳明的批判，成为明末清初学者对王学批判、清算、发难的始作俑者。其后有张杨园、陆稼书、张武承、黄宗羲、陆桴亭、顾炎武、张伯行、王夫之等一批继任者对王学进行了不同程度的批判与反思。至清初的颜元，更是提出惊人的“以学术杀天下”的论断以非难王学，这对王学无异于是釜底抽薪。

　　如果说阳明心学的兴起是为了救治程朱理学支离、没有生机的弊端，那“实学”的兴起就是为了救治阳明心学空疏、虚无的弊端。面对内忧外患的晚明政治，“亡天下”的危机催逼出一批呼吁经世致用的学者，代表人物为黄宗羲、顾炎武、方以智、王夫之。他们强调“学以致用”，反对空谈心性，批判“束书不观，游谈无根”之气，提倡“务实”之风。虽然是对王学的一种修正，但也变相地加速了王学的衰落。